Στις 4 Νοεμβρίου 1996, το πολεμικό σκάφος «Κωστάκος» βρισκόταν σε πλήρη συσκότιση για να μην εντοπιστεί από τον υποτιθέμενο εχθρό, στο πλαίσιο στρατιωτικής άσκησης, όταν χτυπήθηκε από ένα επιβατηγό της γραμμής. Το πλοίο βυθίστηκε στα ανοιχτά της Σάμου, παρασύροντας στον θάνατο τέσσερα μέλη του πληρώματος.
Tο επιβατηγό-οχηματαγωγό «Σάμαινα» εκτελούσε το δρομολόγιο από το Βαθύ προς το Καρλόβασι και προσέκρουσε με σφοδρότητα στην πυραυλάκατο «Ανθυποπλοίαρχος Κωστάκος» (Ρ-25), στη θαλάσσια περιοχή Αυλάκια της Σάμου.
Η πυραυλάκατος συμμετείχε στη μεγάλη διακλαδική άσκηση «Παρμενίων ’96» και σύμφωνα με το σενάριο, παρέμενε σχεδόν ακίνητη κοντά στην ακτή, με σβηστά τα φώτα της, περιμένοντας τον «εχθρό». Το «Σάμαινα», στο οποίο επέβαιναν 71 επιβάτες και 50 μέλη πληρώματος, έπλεε κοντά στις ακτές του νησιού.
Η πρόσκρουση ήταν καταστροφική. Το μεγαλύτερο επιβατηγό εμβόλισε τη δεξιά πλευρά της πυραυλακάτου, προς την πρύμνη, προκαλώντας τεράστιο ρήγμα στο σκάφος. Μέσα σε λίγα λεπτά, το πολεμικό βυθίστηκε. Οι ζημιές στο «Σάμαινα» ήταν συγκριτικά μικρές.
Από τα 38 μέλη του πληρώματος της «Κωστάκος», τα 34 διασώθηκαν με τη βοήθεια λέμβων του επιβατηγού και άλλων πλοίων που έσπευσαν στην περιοχή. Τέσσερις άνδρες εγκλωβίστηκαν στο εσωτερικό της πυραυλακάτου: ο ανθυπασπιστής Κανέλλος Κοκκίνης και οι κελευστές Απόστολος Ασπρογέρακας, Γεώργιος Αναδρανιστάκης και Βασίλειος Μαυρογιώργος.
Το δυστύχημα προκάλεσε σοβαρά ερωτήματα για τα μέτρα ασφαλείας. Σύμφωνα με δημοσιεύματα της εποχής, το «Σάμαινα» δεν είχε ενημερωθεί για την παρουσία της πυραυλακάτου στην περιοχή, ενώ το επιβατηγό είχε κινηθεί πλησιέστερα στην ακτή από τη συνήθη πορεία του.
Το πόρισμα της Επιτροπής Πραγματογνωμόνων του Πολεμικού Ναυτικού απέδωσε ευθύνες και στις δύο πλευρές: στο επιβατηγό κυρίως για την πρόκληση της σύγκρουσης και στην πυραυλάκατο για τη μη αποφυγή της. Ακολούθησαν δικαστικές διαδικασίες, με τον πλοίαρχο και τον ύπαρχο του «Σάμαινα» να παραπέμπονται σε δίκη για το ναυάγιο.
Η «Κωστάκος» παρέμεινε για μήνες στον βυθό, σε βάθος περίπου 165 μέτρων. Ανελκύστηκε στις 15 Μαρτίου 1997, σε μια ιδιαίτερα απαιτητική επιχείρηση, με βασικό στόχο να παραδοθούν οι σοροί των τεσσάρων ναυτικών στις οικογένειές τους. Το σκάφος δεν επέστρεψε ποτέ στην ενεργό υπηρεσία.
Στις 29 Μαρτίου, όταν απεγκλωβίστηκαν οι σοροί, το ρολόι στο χέρι ενός από τους νεκρούς εξακολουθούσε να λειτουργεί, έπειτα από σχεδόν πέντε μήνες στη θάλασσα και από αυτό τον αναγνώρισε ο πατέρας του.
